Refúgio é um local onde, habitualmente, se “cultiva” algas, bactérias, microcrustáceos, fito e zooplâncton, inclusive copépodes e anfípodes. É possível, caso tenha espaço na sump, ter o refúgio na sump. Antes de montar um refúgio é importante planear, tendo em consideração principalmente os requerimentos de circulação e iluminação. Os seus requerimentos de iluminação, recomendam-se que seja suficiente para que as algas prosperem (embora não tão forte como do aquário principal). A circulação tem que ser moderada, para não remover completamente os microorganismos e/ou algas. As macroalgas utilizam amônia, nitrato, e fósforo inorgânico dissolvido para o seu crescimento, podendo, consequentemente, ser um biofiltro, mas para serem eficientes, o refúgio que as abriga deverá ter cerca de 1/5 do tamanho do aquário. Deve ter atenção ao tipo de alga que coloca no refúgio, uma vez que existe a possibilidade de provocar uma invasão de algas no aquário principal. Também as bactérias disnitrificantes contidas aqui vão controlar os níveis de nitrato. Para o “cultivo” de bactérias nitrificantes deve-se usar areia viva, rocha viva, ou cerâmicas.

O melhor local do refúgio fica ao critério do aquariofilista, porém, recomenda-se uma circulação de água baixa, e impedir que a matéria orgânica se acumule no fundo (podendo se usar, por exemplo, camarões para este efeito). Um refúgio permite também uma forma de fornecer microorganismo a peixes e corais.