Ciclar um Aquário/"Fazer o ciclo do aquário" refere-se ao processo de estabelecer colónias de bactérias no que convertem amónia em nitritos, e nitritos em nitratos.

As espécies desejáveis de bactérias nitrificadoras estão presentes em todo o lado(areia,vidro,rocha). Portanto assim que tiver amónia no aquário é apenas uma questão de tempo antes que as bactérias desejáveis estabeleçam uma colónia.

O primeiro componente necessário para este ciclo é a amónia (NH3), sendo que apenas no processo de ciclagem de um aquário é que níveis de amónia elevados devem estar presentes no sistema. Para introduzir amónia deve-se introduzir no tanque rocha viva ou areia viva (que não só produzem amónia, como também se tornam filtro biológico), podendo também introzir alimento. Assim que a amónia se comesse a acumular, o ciclo pode começar. Sem amónia presente, o ciclo não pode começar, e, caso seja retirada, o processo pára. Devido a este facto, é importante não fazer nenhuma troca de água.

Em cerca de 10 dias, as bactérias nitrificantes (Nitrosomas) que convertem a amónia em nitritos, devem começar a aparecer e se propagar. Assim como a amónia, nitritos podem ser tóxicos para animais marinhos, mesmo em níveis baixos, mas sem estes presentes o ciclo não pode continuar.

Durante o processo de ciclo, o nível de amónia vai subir, sendo que esse mesmo nível apresenta uma queda repentinamente à medida que as bactérias formadoras de nitritos se estabeleçam. Uma vez que as bactérias formadoras de nitrato só começam a aparecer quando existirem nitritos presentes em quantidade suficiente, os níveis de nitrato vão aumentando substancialmente (à medida que a amónia acumulada é convertida), continuando a subir à medida que a amónia produzida é convertida em nitritos.

Os níveis de nitritos chegam a um nível crítico por volta dos 15ppm, e por volta do dia 25 esse mesmo nível começa a descer até valores de 2 ou 3 ppm por volta do dia 30, e, posteriormente para zero.

 Uma vez já estabelecidas as bactérias formadoras de nitratos (Nitrobactéria), os níveis de nitritos vão diminuir e os de nitratos subir, e, pode-se verificar que o aquário está em ciclo. As nitrobactérias requerem oxigénio e uma fonte de amónia para sobreviver. O seu aquário terá completado o ciclo assim que haja produção de nitratos (e os níveis de amónia e de nitritos sejam iguais a zero). Para determinar que o ciclo está completo, faça os testes apropriados. O processo de ciclo demora normalmente entre 2 a 6 semanas. A temperaturas abaixo de 21º Celsius, o período de tempo que ciclo do aquário demora a terminar alonga-se. Em comparação com alguns tipos de bactérias, as bactérias nitrificadoras apresentam um crescimento lento, sendo que, em condições ideais, são necessárias cerca de 15 horas para uma colónia duplicar a quantidade da sua população.