Bombas permitem a circulação de água no sistema seja, por exemplo, devolver a água da sump para o aquário (bombas de reposição), ou criar, no aquário, um fluxo constante (bombas de circulação) ou turbulento (como é o caso das wavemaker).

A circulação de água no sistema reduz o risco de choque térmico, ajuda na oxigenação da água, remoção de resíduos, transporte de comida na coluna de água (como o fitoplâncton), e previne a acumulação de organismos prejudiciais (que proliferam em água estagnada como as cianobactérias).

É recomendado uma bomba adequada à quantidade de água que é necessário bombear e ao tipo de fluxo necessário (fraco, médio ou forte) conforme os animais residentes do aquário.

Na sua generalidade, os corais SPS preferem um fluxo forte. Estes animais necessitam deste tipo de fluxo de forma a obter alimento e também na remoção de resíduos nos seus pólipos. E, que, por outro lado, os corais LPS e moles são mais sensíveis, sendo que preferem um fluxo fraco a médio. O movimento da água é essencial em aquariofilia de água salgada, uma vez que nenhum coral depende apenas dos organismos fotossintéticos para a sua alimentação e água estagnada é prejudicial para os peixes, sendo que cada espécie necessitará de diferentes fluxos.

Deve também posicionar as bombas para que não haja obstrução no fluxo até o outro lado do aquário, sem que este seja impedido por rochas, corais ou algas. É essencial evitar dead spots (locais onde não há circulação), onde possa ocorrer acumulação de resíduos. Pode-se também recriar a aleatoriedade das correntes naturais, com o posicionamento de várias bombas no aquário.