O nitrato em água salgada é mais importante do que em água doce, sendo usado como uma medida da qualidade geral da água. Mesmo em baixas concentrações pode causar problemas com algas, e também inibir a calcificação de corais duros. Idealmente, os valores de nitrato devem permanecer indetectáveis ou muito baixos, não sendo recomendado que sejam zero. Valores até 5ppm podem ser aceitáveis em alguns sistemas, especialmente com corais moles.

Nitrato é uma questão da entrada e saída de nutrientes. Assumindo que a água de entrada no sistema é água de osmose, a única entrada possível de nutrientes é através da adição de alimento, e a saída através de mudanças de água, refúgio, rocha viva e escumador. Ter um refúgio bem iluminado e/ou escumador potente, permite uma maior quantidade de alimento fornecido ao aquário, que de outra forma poderia levar a um aquário poluído ou a uma dieta forçada aos habitantes do aquário. Se não se pretender, potencialmente, limitar a alimentação, de forma a manter o equilíbrio químico do aquário, estes equipamentos são recomendados.

Escumadores removem resíduos, antes que estes originem amónia, e, eventualmente nitrato. Ao remover, precocemente, estes resíduos, é possível evitar completamente o nitrato.

Um refúgio é uma das melhores formas de remover nitrato. As macroalgas do refúgio absorvem nitratos e fosfatos. Iluminação forte no refúgio é essencial.

Uma quantidade de rocha viva adequada às dimensões do aquário, permite uma percentagem significativa de bactérias nitrificantes que removem nitrato. É recomendado 120g por litro no mínimo, sendo que 240-360g por litro é o ideal.

Mudanças de água são um factor importante no controlo de nutrientes. Mudanças de água semanais de 10%, são, habitualmente, suficientes para manter os níveis de nitrato sob controlo (quando usadas em conjunto com os outros métodos descritos aqui). Caso se verifique que não são suficientes, podem ser feitas com mais frequência até se encontrar o equilíbrio químico do aquário.