Cobre pode existir em aquários de água salgada sob duas formas, inorgânica (habitualmente a mais toxica) e orgânica (habitualmente menos tóxica). A sua forma inorgânica é aquela que recebe mais atenção por parte dos aquariofilistas. Aquando da sua introdução no aquário, pode, rapidamente, ser fixado pela matéria orgânica presente na água.

Produtos que contenham cobre para tratamentos em animais de água salgada, possuem níveis de cobre, que, embora possam não ser detectados por kits de teste, podem ser suficientemente altos que podem levar a elevadas taxas de mortalidade em invertebrados. É, por isso recomendado o uso destes produtos em aquários de quarentena (sem invertebrados).

Níveis superiores aos recomendados eliminam parasitas, mas são adsorvidos rapidamente. Não pode ser usado em aquários com rocha viva, culturas de bactérias, invertebrados, e/ou corais. Recomenda-se o não uso de qualquer aquário no qual tenha sido utilizado qualquer tratamento de cobre, como aquário principal, uma vez que este pode ser adsorvido pela rocha e substrato, podendo ser reabsorvido de volta para o sistema com o passar do tempo (através da erosão, quer química, quer biológica e pelo revolvimento do sedimento). Pode também, caso tenha sido adsorvido pelo sedimento, ser ingerido por algumas espécies de animais, fixando-se consequente neste, sendo que, irão, ao longo do tempo, os níveis de cobre internos atingirão valores tóxicos. No caso dos peixes, caso estes ingeram outros animais como copépodes (que tenham cobre dentro dos seus organismos), o cobre contido nestes é fixado nos seus fígados e/ou rins, o que pode levar à falha destes, e consequente morte do espécimen.